Botanička zbirka, tj. herbarij rezultat je marljivog i savjesnog rada osnivača Odjela, višeg kustosa Vladimira Peršina. Sadržava godinama sakupljanu floru Karlovačke županije te dijelove edukativnih herbarija rađenih za osnovne i srednje škole na prijelazu iz 19. u 20. stoljeće gdje se kao autor spominje poznati prirodoslovac Dragutin Hirc. Također sadržava novije herbarijske listove koje su sakupljali naši građani, bivši studenti Prirodoslovno-matematičkog fakulteta u Zagrebu.